Od 1 kwietnia 2013 r. zmieniają się zasady opodatkowania dostaw towarów dokonanych na terytorium Polski przez podatników zagranicznych nieposiadających siedziby działalności gospodarczej lub stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej w Polsce. Dostawa taka ma miejsce np. przy sprzedaży towaru przez spółkę zagraniczną, jeśli sprzedaż ta wiąże się z wydaniem towaru z magazynu położonego w Polsce i jeśli towar nie jest w związku z taką transakcją wywożony poza granice Polski. Obecnie przepisy nakładają obowiązek rozliczenia VAT od takich transakcji na nabywcę towaru (art. 17 ust. 1 pkt 5 w zw. ust. 2 i 5 ustawy o podatku od towarów i usług). Zagraniczny podmiot, nawet jeśli jest w Polsce zarejestrowany do VAT, nie ma prawa do wystawiania faktur z VAT z tytułu sprzedaży krajowej i do rozliczania tego VAT w składanej przez siebie deklaracji VAT.

Nowe przepisy pozwolą podmiotom zagranicznym nie posiadającym w Polsce stałego miejsca działalności na rozliczanie VAT od krajowych dostaw towarów, jeśli nierezydent zarejestruje się do polskiego VAT. Jeśli zatem zagraniczna firma dokona rejestracji do VAT, to na niej, a nie na nabywcy towaru, będzie spoczywał obowiązek rozliczenia VAT. Z obowiązkiem tym wiąże się także prawo do odliczania lub zwrotu VAT naliczonego z faktur otrzymanych przez zarejestrowanego podatnika zagranicznego na zasadach ogólnych, tzn. w deklaracjach VAT. Prawo do odliczenia VAT na zasadach ogólnych przysługuje podmiotom zagranicznym zarejestrowanych do celów VAT w Polsce również w obecnym stanie prawnym. Podmioty dokonujące zakupów towarów i usług obciążonych polskim podatkiem VAT i  nie wykazujące na wystawianych fakturach sprzedaży podatku VAT muszą ubiegać się obecnie o zwrot podatku VAT w urzędzie skarbowym (zasadniczo w terminie 60 dni od dnia złożenia deklaracji). W stanie prawnym, który będzie obowiązywał od 1 kwietnia 2013 r. tacy przedsiębiorcy będą mogli pomniejszać podatek VAT wynikający z dokonywanej sprzedaży towarów o podatek VAT wynikający z dokonanych zakupów. Dopiero różnica pomiędzy kwotami podatku należnego i naliczonego będzie podlegała wpłacie lub zwrotowi do/z urzędu skarbowego. Opisywana zmiana przepisów jest zatem – co do zasady - korzystna dla podmiotów zagranicznych. Dla nabywców towarów od podmiotów zagranicznych na terytorium Polski zmiana może wpłynąć negatywnie na płynność finansową w związku z koniecznością okresowego finansowania podatku VAT wykazanego na fakturze przez podmiot zagraniczny.

Dodatkowo istotne jest, iż co do zasady nie ulegają zmianie zasady opodatkowania usług świadczonych przez podmioty zagraniczne nie posiadające siedziby i stałego miejsca prowadzenia działalności na terytorium Polski. Jeżeli nabywca takich usług będzie podatnik VAT, to obowiązek rozliczenia podatku należnego w Polsce będzie spoczywał na nabywcy, niezależnie od faktu rejestracji podmiotu zagranicznego dla celów VAT w Polsce (art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o podatku od towarów i usług). Wyjątek stanowi świadczenie tzw. usług związanych z nieruchomościami. Jeżeli są one świadczone przez podmiot zagraniczny zarejestrowany dla celów VAT w Polsce, to podmiot ten jest zobowiązany do rozliczenia podatku VAT z tego tytułu.

Należy mieć na uwadze, że podmioty spoza Unii Europejskiej są zobowiązane ustanowić przedstawiciela podatkowego w Polsce zanim rozpoczną sprzedaż opodatkowaną polskim VAT.