Ustalając wysokość kapitałów własnych na potrzeby cienkiej kapitalizacji podatnik wyłączyć musi z kalkulacji np. wartość kapitałów z aktualizacji wyceny czy też kapitał własny z otrzymanych pożyczek podporządkowanych. Prawidłowe ustalenie wysokości kapitału własnego dla tych celów ma wpływ na wysokość kosztów uzyskania przychodów z tytułu zapłaconych odsetek od pożyczek udzielonych przez spółki powiązane.

Stosownie do art. 16 ust. 1 pkt 60 oraz 61 ustawy o CIT nie uważa się za koszty uzyskania przychodów odsetek od pożyczek:

1. udzielonych spółce przez podmiot posiadający bezpośrednio lub pośrednio nie mniej niż 25% udziałów (akcji) tej spółki albo udzielonych łącznie przez podmioty posiadające łącznie bezpośrednio lub pośrednio nie mniej niż 25% udziałów (akcji) tej spółki, jeżeli wartość zadłużenia spółki wobec podmiotów posiadających bezpośrednio lub pośrednio nie mniej niż 25% udziałów, uwzględniającego również zadłużenie z tytułu pożyczek, przekroczy łącznie wartość kapitału własnego spółki
2. inną spółkę, jeżeli w obu tych spółkach ten sam podmiot bezpośrednio lub pośrednio posiada nie mniej niż po 25% udziałów (akcji), a wartość zadłużenia spółki otrzymującej pożyczkę wobec spółki udzielającej pożyczki oraz wobec podmiotów posiadających bezpośrednio lub pośrednio nie mniej niż 25% udziałów (akcji) spółki otrzymującej pożyczkę, uwzględniającego również zadłużenie z tytułu pożyczek, przekroczy łącznie wartość kapitału własnego spółki otrzymującej pożyczkę

- w proporcji, w jakiej wartość zadłużenia przekraczająca wartość kapitału własnego spółki pozostaje do całkowitej kwoty tego zadłużenia wobec tych podmiotów, określonej na ostatni dzień miesiąca poprzedzającego miesiąc zapłaty odsetek od pożyczek.

Zgodnie natomiast z art. 16 ust. 7h ustawy o CIT wartość kapitału własnego, o której mowa powyżej, określa się na ostatni dzień miesiąca poprzedzającego miesiąc zapłaty odsetek od pożyczek, bez uwzględnienia kapitałów z aktualizacji wyceny oraz części kapitału własnego pochodzącego z otrzymanych pożyczek podporządkowanych. Wartość tę pomniejsza się o wartość kapitału zakładowego spółki, jaka:

• nie została na ten kapitał faktycznie przekazana lub
• jaka została pokryta wierzytelnościami z tytułu pożyczek oraz z tytułu odsetek od tych pożyczek, przysługującymi wspólnikom wobec tej spółki, a także
• jaka została pokryta wartościami niematerialnymi lub prawnymi, od których nie dokonuje się odpisów amortyzacyjnych zgodnie z art. 16a-16m.

Powyższe zdarzenia, jak potwierdził w wydanej w dniu 14 października 2016 r. interpretacji indywidualnej Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie (sygn. akt 1462-IPPB6.4510.506.16.1.AM), nie powodują natomiast obowiązku pomniejszenia pozostałych pozycji kapitałów własnych, jak np. kapitał zapasowy, jeśli przykładowo część kapitału zapasowego pokryta była wierzytelnościami z tytułu pożyczek lub wartościami niematerialnymi, od których nie dokonuje się odpisów amortyzacyjnych.

Zawarte w art.16 ust. 7h wyłączenia wprowadzone zostały przez ustawodawcę celem urealnienia wartości kapitałów własnych prezentowanych przez podmioty w sprawozdaniach finansowych. Wprowadzone analizowanym przepisem ograniczenia nie dotyczą jednakże innych niż kapitał zakładowy pozycji kapitałów własnych spółki.