Wyrokiem z dnia 10 listopada 2015 r., (sygn. akt III SA/Wa 118/15 i III SA/Wa 119/15) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie potwierdził możliwość ubiegania się o zwrot VAT przez zagraniczny podmiot wykonujący na terytorium Polski czynności opodatkowane za pośrednictwem oddziału, który następnie został zlikwidowany. Zagraniczny podmiot jako podatnik VAT czynny zachowuje w takiej sytuacji prawo do korekty deklaracji  VAT, również dotyczących okresu, w którym wykonywane były czynności opodatkowane na terytorium Polski za pośrednictwem oddziału.

W stanie faktycznym będącym przedmiotem postępowania, spółka z siedzibą w Niemczech  prowadziła w Polsce działalność gospodarczą zasadniczo poprzez oddział przedsiębiorcy zagranicznego, lecz część transakcji dokonywana była bezpośrednio przez spółkę, z pominięciem oddziału. Z czasem spółka podjęła decyzję o likwidacji oddziału, jednocześnie nie wyrejestrowując się jako podatnik podatku VAT w Polsce. Niemniej, już po  wykreśleniu oddziału z KRS, spółka weszła w posiadanie dokumentów uzasadniających dokonanie korekt deklaracji VAT za okresy funkcjonowania oddziału oraz wystąpienie o zwrot podatku VAT. Naczelnik Urzędu Skarbowego odmówił jednakże zwrotu podatku , jako powód podając wygaśnięcie numeru NIP, który w ocenie organu podatkowego nadany został oddziałowi i nie może być używany przez spółkę po jego likwidacji – wraz z ustaniem bytu prawnego oddziału wygasa numer NIP. Dyrektor Izby Skarbowej doszedł jednak w postępowaniu odwoławczym do innych wniosków, wskazując, że wraz z wykreśleniem oddziału z KRS i zaprzestaniem wykonywania czynności opodatkowanych na terytorium Polski, spółka utraciła status podatnik i tym samym prawo do skorygowania deklaracji VAT za okres, w którym była zarejestrowanym podatnikiem VAT. Skutkiem takiego stanowiska było utrzymanie przez Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w zakresie odmowy dokonania zwrotu VAT na rzecz spółki zagranicznej.  

W uzasadnieniu ustnym do wyroku z dnia 10 listopada 2015 r., (sygn. akt III SA/Wa 118/15 i III SA/Wa 119/15) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie potwierdził słuszność prezentowanego przez spółkę w skardze stanowiska, uchylając zaskarżoną decyzję. WSA zgodził się z twierdzeniem, że spółka zagraniczna w dalszym ciągu jest podatnikiem w rozumieniu art. 15 ust. 1 ustawy o VAT. Definicja podatnika rozumiana być powinna szeroko, co oznacza, że wykonywanie czynności opodatkowanych na terenie RP nie może być traktowane jako warunek konieczny do uznania spółki za podatnika w rozumieniu wspomnianego przepisu. Fakt, że byt prawny spółki w Niemczech nie ustał, a spółka wykonuje tam czynności opodatkowane, pozwala twierdzić, że ma ona w dalszym ciągu status podatnika VAT w rozumieniu art. 15 ust. 1 ustawy o VAT. Oddział w Polsce był jedynie jednostką organizacyjną zagranicznego przedsiębiorcy. Wykreślenie oddziału z KRS nie oznacza utraty statusu podatnika podatku VAT, wszak podatnikiem zawsze pozostaje spółka a nie jej oddział. Prowadzi to do wniosku, że wykreślenie oddziału przedsiębiorcy zagranicznego nie stoi na przeszkodzie, by przedsiębiorca taki korygował złożone uprzednio deklaracje VAT. Odmowa prawa do korekty stanowiłaby istotne naruszenie zasady neutralności i  proporcjonalności. Nadto wskazał sąd na inne istotne uchybienie w rozumowaniu fiskusa, który twierdził, jakby spółce nie przysługuje prawo do korygowania deklaracji z uwagi na utratę statusu podatnika VAT. Gdyby przyjąć bowiem argumenty fiskusa za zasadne należałoby wszak dojść do absurdalnego w swej istocie wniosku, że w sytuacji przeciwnej, gdyby korekty prowadzić miały do uregulowania zaległości podatkowej, podatnik nie musiałby takowej uiszczać, skoro składane przez niego korekty w świetle rzekomej utraty statusu podatnika VAT zostałyby przez organ podatkowy odrzucone.

Wyrok okazać się może kluczowy dla innych zagranicznych podatników, w których sprawach fiskus mylnie konkludował, że ustanie bytu prawnego oddziału przedsiębiorcy zagranicznego lub zaprzestanie wykonywania czynności opodatkowanych na terytorium Polski prowadzi automatycznie do utraty statusu podatnika VAT w Polsce. Status podatnika posiada bowiem zawsze spółka, a nie jej oddział samodzielnie i to ona zachowuje prawo do korekty rozliczeń VAT dotyczącej przeszłych okresów.

Wyrok jest nieprawomocny. 

Spółkę zagraniczną w sporze z organami podatkowymi w tej sprawie reprezentuje m.in. Marcin Sobieszek, Partner i doradca podatkowy w ATA Tax Sp. z o.o.