Przy rozliczeniu podatku dochodowego od osób prawnych podatnik, co do zasady nie ma prawa do rozliczenia straty podatkowej poniesionej prze swój oddział (zakład podatkowy) położony w innym państwie. Niemniej jednak w pewnych okolicznościach niemożność rozliczenia straty podatkowej zagranicznego oddziału w polskim zeznaniu podatkowym podatnika CIT może stanowić naruszenie zasady swobody przedsiębiorczości wyrażonej w art. 43 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską.

Zgodnie z umowami o unikaniu podwójnego opodatkowania dochody zagranicznego zakładu podatkowego podlegają rozliczeniu w kraju położenia tegoż zakładu. Nie uwzględnia się ich przy rozliczeniu dochodu „centrali” położonej w Polsce (art. 7 ust. 3 ustawy CIT). W konsekwencji w przypadku likwidacji oddziału zagranicznego podatnik w Polsce nie ma możliwości rozliczenia straty podatkowej tegoż oddziału. Niemożność rozliczenia straty tego oddziału z dochodami spółki w kraju jej siedziby prowadzi do niekorzystnej sytuacji podatkowej takiego podatnika w relacji do podatnika posiadającego oddział w Polsce, który straty takiego oddziału może rozliczyć z dochodem „centrali”. Stąd tez pojawiły się liczne wątpliwości podatników w tym zakresie, a wraz z nimi niejednolite stanowisko organów podatkowych oraz sądów administracyjnych.

Sądy administracyjne przychylają się do korzystnej wykładni przepisów podatkowych, wskazując, że straty zagraniczne podlegają w Polsce rozliczeniu, jeżeli nie mogą być rozliczone w innym państwie członkowskim. Przykładowo Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z dnia 21 maja 2015 r., sygn. III SA/Wa 2913/14 wskazuje, że: „okoliczność faktyczna likwidacji zakładu zagranicznego spółki, powodująca niemożność w systemie podatkowym drugiego państwa członkowskiego UE rozliczenia określonej straty, na podstawie zasady swobody przedsiębiorczości (art. 43 TWE) i testu proporcjonalności według kryteriów wskazanych przez Trybunał Sprawiedliwości w orzeczeniu w sprawie M. prowadzi do zaistnienia uprawnienia do rozliczenia straty w polskim systemie podatkowym. Wskazana wykładnia art. 7 ust. 5 ustawy CIT wynika z zakazu dyskryminacji ze względu na przynależność państwową oraz swobody przedsiębiorczości i równości konkurencji, proklamowanych w art. 18 i art. 49 TFUE. (…) Wobec likwidacji zakładu na terenie Republiki Czeskiej i Rumunii nie zaistnieje żadna okoliczność uzasadniająca zastosowanie w sprawie regulacji krajowych, prowadzących do zróżnicowanego opodatkowania poprzez niekorzystne dla Spółki wykluczenie rozliczenia straty na podstawie art. 7 ust. 5 ustawy. Skoro oddziały te miały być zlikwidowane, to nie ma niebezpieczeństwa wyboru kraju, w którym strata będzie rozliczona, strata ta będzie mogła być rozliczona tylko raz, i tylko według prawa polskiego”.

Zgoła odmienny, opierający się na literalnym brzmieniu przepisów pogląd w tym zakresie mają organy podatkowe. W wydawanych interpretacjach podatkowych dominuje stanowisko, zgodnie z którym, żadnej straty ze źródła przychodu, z którego dochody nie podlegają opodatkowaniu lub są wolne od podatku, nie można uwzględnić w podstawie opodatkowania na podstawie art. 7 ust. 5 ustawy CIT, bez względu na miejsce ich osiągania. Stanowisko takie wyrażone jest np. w wydanej przez Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie interpretacji indywidulanej z dnia 28 listopada 2013 r., sygn. IPPB5/423-685/13-3/AS czy też wydanej przez ten sam organ interpretacji indywidualnej z dnia 4 lipca 2014 r., sygn. IPPB5/423-347/14-2/AS.

Wobec niejednolitego stanowiska przy rozliczaniu strat likwidowanego zagranicznego oddziału polskiego podatnika, nie można wykluczyć ryzyka zakwestionowania dokonanego rozliczenia zagranicznej straty  przez organy podatkowe. Jednakże w świetle korzystnego dla podatników  orzecznictwa sądowego ewentualny spór sądowy może zakończyć się korzystnym dla podatnika rozstrzygnięciem.