Beim Abrechnung der Körperschaftssteuer (KSG) ist der Steuerpflichtige grundsätzlich nicht berechtigt  Steuerverluste seiner, in einem anderen Staat gelegenen Zweigniederlassung (Betriebsstätte) zu verrechnen. Dennoch kann die Unmöglichkeit Steuerverluste einer ausländischen Zweigniederlassung in der polnischen Körperschaftssteuererklärung zu verrechnen, unter gewissen Umständen einen Verstoß gegen den Grundsatz der Niederlassungsfreiheit nach Maßgabe des Art. 43 des Vertrags zur Gründung der Europäischen Union darstellen.

Nach Maßgabe der Doppelbesteuerungsabkommen können Gewinne einer ausländischen Betriebsstätte eines Vertragsstaates nur in dem Staat besteuert werden, in dem diese Betriebsstätte liegt. Bei ihrer Verrechnung werden keine Gewinne des in Polen gelegenen "Stammhauses" berücksichtigt (Art. 7 Abs. 3 KStG). In der Konsequenz im Fall der Liquidation einer ausländischen Zweigniederlassung hat der Steuerpflichtige in Polen keine Möglichkeit die steuerlichen Verluste dieser Niederlassung zu verrechnen. Die Unmöglichkeit den Verlust dieser Zweigniederlassung mit Gewinnen der Gesellschaft in dem Staat ihres Firmensitzes zu verrechnen führt zu einer nachteiligen steuerlichen Situation eines solchen Steuerpflichtigen im Verhältnis zu einem Steuerpflichtigen der eine Zweigniederlassung in Polen hat, und der die Verluste einer solchen Niederlassung mit den Gewinnen des "Stammhauses" verrechnen kann. Daher bestehen in diesem Bereich auch zahlreiche Bedenken von Steuerpflichtigen, und parallel zu ihnen ein uneinheitlicher Standpunkt von Steuerbehörden und Verwaltungsgerichten.

Die Verwaltungsgerichte kommen der vorteilhaften Auslegung von Steuervorschriften nach, indem sie darauf hinweisen, dass ausländische Verluste in Polen zu verrechnen sind, wenn sie nicht in einem anderen Mitgliedstaat verrechnet werden können. Beispielsweise weist das Woiwodschaftsverwaltungsgericht in Warschau im Urteil vom 21. Mai 2015, Aktenzeichen III SA/Wa 2913/14 darauf hin, dass: „der Umstand der Liquidation einer ausländischen Betriebsstätte der Gesellschaft, welche im Steuersystem eines anderen EU-Mitgliedstaates die Verrechnung eines bestimmten Verlustes auf Grundlage der Niederlassungsfreiheit unmöglich macht (Art. 43 EU- Gründungsvertrag) und vom Verhältnismäßigkeitstest nach Kriterien des Gerichtshofes in dem Fall M. zum Entstehen der Berechtigung zur Verrechnung des Verlustes im polnischen Steuersystem führt. Die benannte Auslegung von Art. 7 Abs. 5 des KStG ergibt sich aus dem Verbot der Diskriminierung wegen der Staatszugehörigkeit, Niederlassungsfreiheit und Wettbewerbsgleichheit, wie sie in Art. 18 und Art. 49 AEUV verkündet werden. (…) In Anbetracht der Liquidation einer Betriebsstätte auf dem Gebiet der Republik Tschechien und Rumänien wird kein Umstand bestehen, der in diesem Fall die Anwendung von inländischen Bestimmungen begründet, welche zur differenzierten Besteuerung durch einen für die Gesellschaft nachteiligen Ausschluss der Verlustverrechnung auf Grundlage von Art. 7 Abs. 5 des Gesetzes führt. Wenn diese Niederlassungen liquidiert werden sollten, dann besteht keine Gefahr der Wahl des Staates, in dem der Verlust verrechnet wird, dieser Verlust kann nur einmal verrechnet werden und nur nach Maßgabe des polnischen Gesetzes”.

Eine schlechthin verschiedene, auf dem Wortlaut der Vorschriften in diesem Bereich gestützte Ansicht vertreten die Steuerbehörden. In den erlassenen Steuerauslegungen dominiert der Standpunkt, nachdem kein Verlust aus der Einkommensquelle, von der die Gewinne nicht steuerpflichtig sind oder Freibeträge darstellen, in der Besteuerungsgrundlage nach Maßgabe des Art. 7 Abs. 5 KStG, ungeachtet dessen wo sie erzielt werden, berücksichtigt werden kann. Ein solcher Standpunkt wird zum Beispiel in der individuellen Auslegung des Finanzkammerdirektors in Warschau vom 28. November 2013, Aktenzeichen IPPB5/423-685/13-3/AS oder auch in der Einzelauslegung derselben Behörde vom 4. Juli 2014, Aktenzeichen IPPB5/423-347/14-2/AS vertreten.

In Anbetracht des uneinheitlichen Standpunktes bei der Verrechnung von Verlusten einer liquidierten ausländischen Zweigniederlassung des polnischen Steuerpflichtigen, kann man das Risiko nicht ausschließen, dass die vorgenommene Verrechnung eines ausländischen Verlustes von den Steuerbehörden beanstandet wird. Jedoch in Anbetracht der, für die Steuerpflichtigen vorteilhaften Rechtsprechung der Gerichte kann eine eventuelle, gerichtliche Auseinandersetzung mit einer, für den Steuerpflichtigen vorteilhaften Entscheidung enden.